Le 9 juillet 1847, une visite pastorale conduite par le vicaire général du diocèse, Guillaume Mercier, nous fournit d’intéressantes informations :
« L’autel de la chapelle de Notre-Dame de l’Arbre est en bois couleur de noyer. Le tabernacle est doré, mais l’intérieur manque de revêtemens. Nous avons défendu qu’on y plaçât la réserve jusqu'à ce que cette réparation ait eu lieu. Cette chapelle est située à un demi kilomètre de Chanonat, du coté de l’occident. La dévotion à Notre-Dame de l’Arbre attire depuis longtemps un grand concours de fidèles. On est dans l’usage d’y porter, même de loin, les enfants morts sans le baptême, afin de leurs obtenir cette grâce par la puissante intercession de la mère de Dieu. Quoiqu’il n’y ait aucun procès verbal qui constate des effets miraculeux, la tradition constante des pieux pèlerins ne permet pas de refuser toute croyance à de nombreuses grâces extraordinaires obtenues par les mères chrétiennes en faveur de leurs enfants morts sans le baptême.
L’état de décence de cette chapelle est très satisfaisant, elle est abondamment fournie de linges, d’ornements en bon état et de tous les autres objets nécessaires à la célébration des Saints mystères. L’image miraculeuse est placée dans une chapelle grande et bien ornée.».
Ce qui signifie que la statue de N-D de l’Arbre, qui se trouve maintenant dans l’église paroissiale de Chanonat, était à cette date, encore abritée dans la chapelle. La visite signale en outre l’existence d’une petite cloche d’environ 40 kg placée sur la chapelle de Notre-Dame de l’Arbre.
En 1857 une mission des frères maristes installe une statue sur le toit : « On plaça sur le sommet du petit édifice une statue de la vierge en fonte bronzée de plus de six pieds de hauteur. »
En 1867 les travaux d’élargissement de la route en direction de varennes provoquent la destruction de l’oratoire primitif. Seule la niche est conservée et incluse dans le mur jouxtant la chapelle.
Le 3 juillet 1870, à l’occasion d’une mission, une procession aux flambeaux monta jusqu’à la Chapelle, quinze jours plus tard la France déclarait la guerre à la Prusse. Les femmes du village promirent à la vierge un ex-voto si elle protégeait leurs hommes des périls de la guerre. Elles installèrent une grande lampe, à l’extérieur, le long du mur Est, sous la statue de la vierge. Elles venaient tous les soirs l’allumer, comme on allume un cierge, et la lumière brillait toute la nuit. Miracle ou non les enfants de Chanonat furent épargnés. Jean de Chateauneuf, peintre de l’école de Murol, dans une de ses toiles, évoqua ces moments.
1897 voit la publication de la très documentée monographie « Notre Dame de l’Arbre, histoire et légende »par l’abbé R. Planeix.